Al amanecer del 7 de junio de 1880 se inició el asalto chileno por la retaguardia, en el fuerte de la Ciudadela. Empezó una feroz matanza de prisioneros, de los 400 soldados peruanos, sólo sobrevivieron diez.

La resistencia final tuvo lugar en el Morro mismo. Allí estaban Bolognesi, More, Alfonso Ugarte, Sáenz Peña, Armando Blondel, con los restos de los batallones Tarapacá, Iquique, Artesano y Granaderos de Tacna. Eran unos pocos hombres contra muchos asaltantes. Todo concluyó a las 8 de la mañana.

El general chileno, Manuel Baquedano en su informe escribió: "Perdidos sus últimos atrincheramientos, los peruanos hicieron volar los fuertes del Norte. La lucha había sido porfiada y sangrienta hasta lo increíble. A las 9 a.m. la plaza era completamente nuestra y la bandera de Chile se ostentaba en los fuertes y en los edificios públicos (…) el enemigo perdió a sus mejores jefes". Según Sáenz Peña, "sólo More y Bolognesi continuaron haciendo fuego con sus revólveres" hasta que un soldado chileno le disparó a Bolognesi y lo tendió muerto instantáneamente de un balazo en el cráneo.

El monitor Manco Cápac fue hundido por su comandante José Sánchez Lagomarsino. La lancha torpedera Alianza, al mando del teniente 1° Juan Fernández Dávila, trató de escapar hacia el norte, pero fue perseguida y cañoneada, sus tripulantes la vararon y destruyeron cerca de Ilo.

Chile perdió 474 hombres, mientras que casi 1,000 peruanos perdieron la vida, el resto cayó prisionero, muchos de éstos fueron fusilados en la plazoleta de la iglesia de Arica, en cuyo piso, durante muchos años, permanecieron las huellas ensangrentadas.

Hubo saqueo e incendios, ataque a consulados y muchos otros desmanes. Los excesos de la soldadesca -afirmase por los chilenos- provinieron de la indignación por la creencia de que hubo empleo de las minas aún en lugres teóricamente ajenos a ellas. La matanza de heridos y prisioneros se generalizó. El Morro de Arica y la ciudad quedaron empapados en sangre peruana.