Los orígenes del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas (CCFFAA) se remontan a la década de 1950 cuando los Estados Mayores Generales de las instituciones militares estudiaron las experiencias del empleo operacional de las fuerzas durante la Segunda Guerra Mundial y pusieron en evidencia la necesidad de que las Fuerzas Armadas del Perú, cuenten con una organización conjunta permanente por la importancia de que exista unidad de comando en el planeamiento de las operaciones, cuya ejecución y empleo en cualquier conflicto armado requiere de la coordinación permanente de todos los medios Militares, Aéreos y Navales de la Nación.

Frente a esta necesidad, las Escuelas de Guerra y el Centro de Altos Estudios Militares, presentaron un proyecto de factibilidad para crear una nueva organización donde el planeamiento de la Defensa Nacional se realice en forma permanente; tanto en tiempo de paz como de guerra, involucrando a las tres instituciones castrenses en esta tarea, diseñando su misión, organización y funcionamiento, con la finalidad de optimizar el empleo de los recursos humanos y materiales de las Fuerzas Armadas para garantizar la independencia , soberanía e integridad del territorio de la República.

Con el Decreto Supremo del 03 de Setiembre de 1956, se designó una comisión para el estudio del proyecto de ley para la constitución y normar legalmente el funcionamiento de los organismos de Defensa Nacional, integrada por los generales de brigada José del Carmen Marín Arista, Félix Huaman Izquierdo y Alfredo Rodríguez Martínez por el Ejército; el Contralmirante Alfonso Souza Armandoz, los capitanes de navío Hernán Vásquez Lapeyre y Carlos Monge Gordillo, por la Marina de Guerra, y los mayores generales Guillermo Van O’rdt León, Carlos Moya Alvarado y Guillermo Alegre Soriano por la Fuerza Aérea.

Uno de los primeros resultados de las actividades de la Comisión fue la presentación del Proyecto de Creación del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, que fue finalmente aprobado por DS Nº 002-GM/1 del 01 de febrero de 1957, designándose como primer Presidente del CCFFAA al General División Manuel Cossio Cossio.

Se precisa en los artículos del Decreto Supremo que “El Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, depende directamente del Presidente de la República, es el escalón más alto del Planeamiento y coordinación de las operaciones de las Fuerzas del Ejército, de la Marina y de Aeronáutica”.

Los cambios que se han producido a lo largo de los años en los entornos mundial, regional y nacional, relacionados con la seguridad y defensa han producido algunas modificaciones estructurales y organizacionales en el Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas.Así de un organigrama estructural que inicialmente contaba con un presidente del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, una Jefatura de Estado Mayor y sus correspondientes divisiones y oficinas autónomas, debido a la situación de emergencia que vivió el Perú entre los años 80 y 90, se ampliaron los campos de acción del Estado Mayor creándose el Frente interno con su propia Subjefatura de Estado Mayor, de esta manera el Comando Conjunto paso a tener dos subjefaturas, una para el Frente Interno para atender a la situación Terrorista en general y la otra para el Frente Externo para atender los problemas de seguridad y defensa nacional.

Al lograrse la pacificación en el Frente Interno y producirse el levantamiento del Estado de emergencia en la mayor parte del territorio se vuelve en el año 2002 a la estructura organizacional con una sola Jefatura de Estado Mayor con sus Divisiones tradicionales y Oficina Autónomas.

El mismo año, a las seis (06) Divisiones de Estado Mayor tradicionalmente establecidas, se incrementa con la 7ª División denominada, Centro del Derecho Internacional Humanitario y Derecho de la Guerra el cual trabaja en estrecha coordinación con organismos de apoyo como el Comité de la Cruz Roja Internacional.

Dentro del marco de la nueva Ley del Sector Defensa, se incluyó como un órgano de línea en la estructura orgánica y funcional del Ministerio de Defensa al Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas estableciéndole una organización acorde a sus lineamientos, con sus respectivos órganos de apoyo, asesoramiento y de línea contándose con la : 1ª División que tiene a su cargo aspectos de Derechos Humanos, Asuntos Civiles, Personal y Doctrina, 2ª División de Inteligencia, 3ª División de Operaciones, 4ª División de Logística, 5ª División de Telemática, 6ª División que esta orientada al tratamiento de Asuntos Estratégicos e Internacionales entre los que destacan las medidas de confianza mutua, Operaciones de Paz, Cooperación Internacional, Oficina de Enlace, Asuntos Antárticos, Ecología y Medio Ambiente y Tratados y Convenios y finalmente el Centro del Derecho Internacional Humanitario.

En el año 2008, el Jefe del Comando Conjunto de las FFAA aprobó la reestructuración del Estado Mayor Conjunto, así como la creación de de la Escuela Superior de las Fuerzas Armadas, junto con la intensificación de las operaciones en el VRAE, los cuales son los principales logros que contribuyen a que nuestra institución se consolide como el gran conductor estratégico militar de la Nación.

Es así que la nueva organización del Estado Mayor Conjunto de las FFAA cuenta con ocho divisiones del Estado Mayor Conjunto (DIEMCFFAA), en razón a la necesidad de adecuar la institución a las exigencias que hoy imponen las nuevas amenazas que enfrentan los Estados. En virtud a esta reestructuración, la División de Telemática ha sido reemplazada por la División de Planes y Política, así como la División de Comando, Control y Comunicaciones en lugar de la División de Asuntos Estratégicos e Internacionales. Asimismo han sido creadas la Sétima DIEMCFFAA Preparación y Evaluación de las Fuerzas, y la Octava DIEMCFFAA Operaciones de Información. Destaca también la unificación del Comando Operacional NOR Oriente (CONO) con el Comando Operacional Fluvial Amazónico (COFA), creándose de esta manera el Comando Operacional de la Amazonía (COAM), el cual planeará, organizará, dirigirá y conducirá las operaciones y acciones militares conjuntas de las fuerzas asignadas en su ámbito de responsabilidad para el cumplimiento de las tareas asignadas en el frente externo, interno y en el sistema de vigilancia de fronteras.

Como se señaló en párrafos anteriores, con la creación de la Escuela Superior de las Fuerzas Armadas se dio inicio a las actividades académicas con el objetivo de perfeccionar la preparación de los Oficiales Superiores del Ejército, Marina de Guerra y Fuerza Aérea, para que se encuentren debidamente capacitados al desempeñarse como oficiales del Estado Mayor Conjunto.