El Comando Operacional del Ucayali (COU) planea, organiza, dirige y conduce las operaciones y acciones militares conjuntas asignadas en su ámbito de responsabilidad, que comprende la región Ucayali, provincia de Puerto Inca; departamento de Huánuco; departamento de Loreto, localidad de Colonia, Raterí, Shiriatarí, Alegre, Misión Ivotsotení, Núñez, Pedro López, Montes y Poyení, del distrito de Rio Tambo y la provincia de Satipo en el departamento de Junín.
En zonas declaradas en estado de emergencia, el COU ejecuta operaciones y acciones militares en apoyo a la Policía Nacional del Perú, con el fin de contribuir a consolidar la pacificación nacional, neutralizar las acciones terroristas y el tráfico ilícito de drogas, así como recuperar el apoyo y confianza de la población e impulsar el desarrollo. Adicionalmente, en zonas en estado de derecho, realiza patrullajes de entrenamiento.
A su cargo tiene como sus componentes a la Fuerza Tarea 100, conformado por los elementos operativos de la Marina de Guerra del Perú, al Comando del Asentamiento Rural del Ejército; la Comandancia General del Ala Aérea N° 4, de la Fuerza Aérea; y administrativamente, cuando por razones de emergencia se disponga, a la Dirección Territorial Policial de Ucayali.