El Comando Operacional Aéreo tiene la misión de “Planear, organizar, dirigir y conducir las operaciones y acciones militares conjuntas de las fuerzas asignadas en su ámbito de responsabilidad, para el cumplimiento de las tareas asignadas en el ámbito externo , interno y otras tareas que se le asignen”.
En el ámbito interno, orientada al apoyo aéreo de las operaciones para la defensa interior del territorio. En el ámbito externo está orientada principalmente a alcanzar la superioridad aérea y a las operaciones aéreas necesarias en apoyo de la maniobra estratégica conjunta, garantizando la posibilidad del empleo de nuestros medios aéreos en estos propósitos.
Además del espacio aéreo nacional, su ámbito se extiende, a todos aquellos lugares (pistas, aeródromos, aeropuertos y/o bases, donde sea necesario posesionar el poder aéreo en tierra, para operaciones de mantenimiento y preparación de la fuerza en coordinación con el comando operacional correspondiente.
El comando operacional aéreo en la actualidad viene participando en el planeamiento del plan VRAE.