El Comando Operacional de la Amazonía (COAM) planea, organiza, dirige y conduce las operaciones y acciones militares conjuntas de las Fuerzas asignadas a su ámbito de responsabilidad para el cumplimiento de las tareas asignadas en el ámbito externo e interno; así como el sistema de vigilancia de fronteras y otras tareas que se les asignen.
En el año 2008, el Jefe del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, aprobó la reestructuración en razón a la necesidad de adecuar la institución a las exigencias que hoy imponen las nuevas amenazas que enfrentan los Estados. Por ello, se unificó el Comando Operacional Nor Oriente (CONO) con el Comando Operacional Fluvial Amazónico (COFA), creándose de esta manera el Comando Operacional de la Amazonía (COAM).
Las principales actividades realizadas por el COAM han sido las actividades de apoyo social, a través de la Plataforma Itinerante PIAS “Río Napo”, las cuales han llevado atenciones humanitarias a las poblaciones rurales vulnerables de la cuenca del río Napo, que comprende los distritos de Torres Causana, Napo y Mazán. Las actividades se concentran en 25 comunidades pertenecientes a aquellos distritos.