Los orígenes del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas (CCFFAA) se remontan a la década de 1950 cuando los Estados Mayores Generales de las instituciones militares estudiaron las experiencias del empleo operacional de las fuerzas durante la Segunda Guerra Mundial poniendo en evidencia la necesidad de que las Fuerzas Armadas del Perú cuenten con una organización conjunta permanente, es decir una unidad de comando que en el planeamiento de las operaciones y ejecución de cualquier conflicto armado encuentre la cohesión de todos los medios militares, aéreos y navales de la nación.
Frente a esta necesidad, las Escuelas de Guerra y el Centro de Altos Estudios Militares presentaron un proyecto de factibilidad para crear una nueva organización donde el planeamiento de la Defensa Nacional se realice en forma permanente tanto en tiempo de paz como de guerra, involucrando a las tres instituciones castrenses en esta tarea.
Con el Decreto Supremo del 03 de Setiembre de 1956, se designó una comisión para el estudio del proyecto de ley para la constitución y normar legalmente el funcionamiento de los organismos de Defensa Nacional, integrada por los generales de brigada José del Carmen Marín Arista, Félix Huamán Izquierdo y Alfredo Rodríguez Martínez por el Ejército; el Contralmirante Alfonso